WDR90 - WDR90

Qayta o'z ichiga olgan WD oqsili 90 a oqsil odamlarda WDR90 geni tomonidan kodlanganligi (16p13.3).[1] Ushbu inson oqsili 1750 ni tashkil qiladi aminokislotalar va bor molekulyar og'irlik 187,7 kDa dan.[2] Unda bir nechta mavjud WD40 takrorlanadi domenlar va noma'lum funktsiyaning bitta domeni.[3] Ushbu protein umurtqasizlarga qaytarilguncha saqlanib qoladi.[4] WD transduktinin takrorlanadigan domenlarini o'z ichiga olgan oqsillar turli funktsiyalarda rol o'ynashi aniqlandi signal uzatish va transkripsiyani tartibga solish ga hujayra aylanishi boshqaruv, avtofagiya va apoptoz.[5]

Gen

16-xromosomaning kalta qo'lidagi WDR90 genining inson xromosomal holati

Inson genomida WDR90 tarqaladi tayanch juftliklari 649363 dan 667833 gacha va an mRNA ketma-ketligi, ya'ni 5,250 ga teng nukleotidlar uzunligi bo'yicha. Ushbu gen 41 dan iborat exons va 1750 uchun kodlaydi aminokislota odamlarda oqsil.

Lokus

Ushbu inson geni ijobiy DNK zanjirida joylashgan 16-xromosoma 16p13.3 holatida.[1] Ijobiy chiziqdagi yonma-yon ketma-ketliklar FAM195A va RHOT2.[3]

Taxalluslar

WDR90 uchun taxalluslarga quyidagilar kiradi: C16orf15, C16orf16, C16orf17, C16orf18, C16orf19 va KIAA1924.[1]

Gomologiya

Paraloglar

WDR90 uchun bitta odam paralogi topildi. Bu paralog WDR16 nomi bilan tanilgan. UniProtKB / Swiss-Prot ma'lumotlariga ko'ra, WDR16 gepatotsellular o'sishi yoki omon qolishida muhim rol o'ynashi mumkin. karsinoma. Ushbu oqsil odamlarda 620 ta aminokislotaning uzunligini tashkil qiladi.[6][7]

Ortologlar

WDR90 oqsili uchun ortologlar singlga qadar saqlanib qolgan umurtqasizlar.[8] DUF667 (joylashuvi 3-124) va ikkita WD40 takrorlanishi (697-991 va 1155-1549 joylari) sutemizuvchilar orasida uchta saqlanib qolgan domen mavjud edi.[3]

Odamlarda WDR90 va uning ortologlarini ketma-ket taqqoslash.

Oqsil

Birlamchi ketma-ketlik

Odamning WDR90 oqsili 287,7 kDa, izoelektrik nuqtasi 6,584 ga teng. Bor noma'lum funktsiya sohasi DUF667 deb nomlangan bo'lib, u o'zining taxmin qilingan 30 izoformasi bo'yicha saqlanadi.[9]

Insonning WDR90 genidagi domenlar va joylar.

Tarjimadan keyingi modifikatsiyalar

WDR90 og'ir bo'lishi taxmin qilinmoqda fosforillangan oqsil.[10]

Domenlar va motiflar

Insoniyat ketma-ketligi davomida takrorlanadigan uchta domen mavjud.[11]

Protein WDR90 asosiy aminokislotalar ketma-ketligi va uning ichki xususiyatlari / tuzilmalari.
Protein WDR90 asosiy aminokislotalar ketma-ketligi va uning ichki xususiyatlari / tuzilmalari.

Ikkilamchi tuzilish

The de novo odamlarda WDR90 oqsil tarkibiga ega bo'lishi taxmin qilinmoqda beta-varaqlar, beta burilishlar va tasodifiy bobinlar.[12]

Phyre2 dasturi yordamida taxmin qilingan WDR90 tuzilishi. 7-pichoqli beta pervanining o'ziga xos xususiyati mavjud.

Uchinchi va to'rtlamchi tuzilish

Inson oqsili WDR90 ning ko'rsatkichi bo'lgan 7 ta pichoqli beta pervanni qabul qiladi WD40 takrorlanadi oila. Ushbu tuzilmani Phyre2 dasturini bashorat qiladigan dastur 100% ishonch bilan bashorat qilgan.

O'zaro ta'sir qiluvchi oqsillar

Insonning WDR90 bilan ta'sir o'tkazadigan eng taniqli oqsillar bo'lishi taxmin qilinmoqda UTY, KDM6B, SETD1B va ASH2L.[13] Ushbu oqsillar asosan topiladi histon modifikatorlar.

Transkripsiya omillari

Odamlarda WDR90 promouteri transkripsiya omillari uchun domenlarga ega bo'lishi taxmin qilingan: ARNT, AP-1, MYB va Cis2His2.[14]

Ifoda

Insonning WDR90-ning ifoda darajasi past darajalarda nisbatan yuqori darajada bo'lib, eng yuqori darajasida limfa tugunlari va timus.[15][16] WDR90 ning rivojlanishdagi ifodasi eng yuqori ko'rsatkichdir blastokist va homila bosqichlari. Ifoda, ayniqsa, mavjud emas yangi tug'ilgan chaqaloq va chaqaloq bosqichlari, keyin esa qaytib keladi voyaga etmagan va kattalar davrida davom etadi.[16]

Funktsiya

Odamlarda WDR90 funktsiyasi yaxshi ma'lum emas. Ko'p to'qimalarda uning keng ekspresyoni, superfamily WD40 domen tarkibidagi oqsillar bilan aloqasi va ma'lum bo'lgan protein o'zaro ta'sirini hisobga olgan holda, u rol o'ynashi mumkin giston modifikatsiyalari, vesikulyar transport, yoki transkripsiyani tartibga solish.[13][15][16]

Adabiyotlar

  1. ^ a b v Ma'lumotlar bazasi, GeneCards. "WDR90 Gen - GeneCards | WDR90 Protein | WDR90 Antikor". www.genecards.org. Olingan 2015-05-06.
  2. ^ Volker Brendel, Stenford universiteti matematikasi bo'limi, Stenford CA 94305, AQSh, o'zgartirilgan; har qanday xatolar modifikatsiyaga bog'liq. http://workbench.sdsc.edu/
  3. ^ a b v "WDR90 WD takroriy domeni 90 [Homo sapiens (Inson)] - Gen - NCBI".
  4. ^ "NCBI - WWW xatosi blokirovka qilingan diagnostika". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2015-04-30.
  5. ^ Stirniman, Kristian U.; Petsalaki, Evangeliya; Rassel, Robert B.; Myuller, Kristof V. (2010 yil oktyabr). "WD40 oqsillari uyali aloqa tarmog'ini harakatga keltiradi". Biokimyo fanlari tendentsiyalari. 35 (10): 565–574. doi:10.1016 / j.tibs.2010.04.003. ISSN  0968-0004. PMID  20451393.
  6. ^ Ma'lumotlar bazasi, GeneCards. "WDR16 Gen - GeneCards | WDR16 Protein | WDR16 Antikor". www.genecards.org. Olingan 2015-05-06.
  7. ^ "ExPASy: SIB Bioinformatics Resurs Portali - Kategoriyalar". www.expasy.org. Olingan 2015-05-06.
  8. ^ "CLUSTALWPROF". Biologiya dastgohi. SDSC.[doimiy o'lik havola ]
  9. ^ "Biology WorkBench". Volker Brendel, Stenford universiteti matematikasi bo'limi, Stenford CA 94305, AQSh, o'zgartirilgan; har qanday xatolar modifikatsiyaga bog'liq. PS ning statistik tahlili. Sana qiymatlarini tekshiring: | sana = (Yordam bering)[doimiy o'lik havola ]
  10. ^ "NetPhos 2.0 Server". www.cbs.dtu.dk. Olingan 2015-05-07.
  11. ^ "Ensembl genom brauzeri 79: Homo sapiens - Domenlar va xususiyatlar - Transkript: WDR90-002 (ENST00000293879)". useast.ensembl.org. Olingan 2015-05-06.
  12. ^ UCBL, Institut. "NPS @: SOPMA ikkilamchi tuzilishini bashorat qilish". npsa-prabi.ibcp.fr. Olingan 2015-05-07.
  13. ^ a b "STRING: funktsional oqsil assotsiatsiyasi tarmoqlari". string-db.org. Olingan 2015-05-07.
  14. ^ "Genomatix: Promouterlarni qidirib toping va tahlil qiling: So'rov kiritish". www.genomatix.de. Olingan 2015-05-07.
  15. ^ a b "NCBI - WWW xatosi blokirovka qilingan diagnostika". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2015-05-07.
  16. ^ a b v "NCBI - WWW xatosi blokirovka qilingan diagnostika". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2015-05-07.

Tavsiya etilgan o'qish

  • Bayne, Rosemary AL va boshq. "Odam moyaklaridagi molekulyar profilaktika qattiq yo'lni ochib beradi - Gonadotropinni bostirish va progestogen bilan davolashdan so'ng RNK ekspresiyasining o'ziga xos regulyatsiyasi." Andrologiya jurnali29.4 (2008): 389-403.
  • Koks, D. M. va M. G. Butler. "Distal qisman trisomiya 15q26 va qisman monosomiya 16p13. 36 yoshli erkakda 3, ikkala xromosoma anomaliyasining klinik xususiyatlariga ega." Sitogenetik va genom tadqiqotlari (2015).
  • Xuang, Chi-Cheng va boshqalar. "Xan-xitoy ko'krak bezi saratoni uchun bir vaqtda gen imzolari." PLOS ONE 8.10 (2013): e76421.
  • Jakobsen, Lis va boshq. "Bir-birini to'ldiruvchi proteomika usullari bilan aniqlangan inson sentrosomalarining assimetrik lokalizatorli romanlari." EMBO jurnali 30.8 (2011): 1520-1535.
  • Lauerys, Bernard va boshqalar. "Revmatik holatlarni aniqlash va tasniflash usuli". AQSh Patent arizasi 12 / 528,615.
  • Rink, Lori va boshqalar. "Gastrointestinal stromal o'smada gen ekspression imzosi va imatinib mesilatga javob." Molekulyar saratonni davolash 8.8 (2009): 2172-2182.
  • Yanagisava, Xaru-aki va boshqalar. "Stantsiya, Texas 77843, AQSh. Qisqartmalar: DMT, dublet mikrotubula; IJ, ichki tutashuv."