Toksin va toksin-maqsadli ma'lumotlar bazasi - Toxin and Toxin-Target Database
 | |
|---|---|
| Tarkib | |
| Tavsif | Toksinlar va toksinlar uchun mo'ljallangan ma'lumotlar bazasi |
| Ma'lumot turlari qo'lga olindi | Kichik molekulali zaharlar, toksik birikmalar va toksinlar, kimyoviy tuzilmalar, toksik birikmalarni tavsiflash, kimyoviy taksonomiya, toksinlar va transportyorlar, maqsadli oqsillar ketma-ketligi, ta'sir mexanizmlari, o'ldiradigan dozalar, kimyoviy xossalar, nomenklatura, sinonimlar, NMR spektrlari, MS spektrlari, genlarni boshqarish , konsentratsiyalar |
| Aloqa | |
| Ilmiy-tadqiqot markazi | Alberta universiteti va Metabolomics Innovation Center |
| Laboratoriya | Doktor Devid Uishart |
| Birlamchi iqtibos | T3DB: toksik ekspozoma ma'lumotlar bazasi.[1] |
| Ishlab chiqarilish sanasi | 2009 |
| Kirish | |
| Veb-sayt | http://www.t3db.ca |
| URLni yuklab olish | http://www.t3db.ca/downloads |
| Turli xil | |
| Ma'lumotlarni chiqarish chastota | Har 3-4 yilda davriy tuzatishlar va yangilanishlar bilan |
| Kuratsiya siyosati | Qo'l bilan davolash |
The Toksin va toksin-maqsadli ma'lumotlar bazasi (T3DB),[1][2] sifatida ham tanilgan Zaharli Exposome Ma'lumotlar bazasi, odamlar uchun zaharli bo'lgan oddiy moddalarning, ular bilan bir qatorda, erkin foydalanish mumkin bo'lgan onlayn ma'lumotlar bazasi oqsil, DNK yoki organ maqsadlar. Ma'lumotlar bazasida hozirda 3700 ga yaqin toksik birikma yoki zahar deyarli 42000 sinonim bilan tavsiflangan. Ushbu ro'yxat turli xil guruhlarni o'z ichiga oladi toksinlar shu jumladan keng tarqalgan ifloslantiruvchi moddalar, pestitsidlar, giyohvand moddalar, oziq-ovqat toksinlari, uy va sanoat / ish joyidagi toksinlar, sigareta toksinlari va uremik toksinlar. Bular toksik moddalar 2086 ta mos keladigan protein / DNK nishon yozuvlari bilan bog'langan. Hammasi bo'lib 42 433 ta toksin moddasi-toksin birlashmalari mavjud. T3DB-dagi har bir toksik birikma yozuvi (ToxCard) 100 ga yaqin ma'lumotlar maydonini o'z ichiga oladi va kimyoviy xususiyatlar va tavsiflovchilar kabi ma'lumotlarni saqlaydi, harakat mexanizmlari, toksiklik yoki o'ldiradigan doz qiymatlar, molekulyar va uyali o'zaro ta'sirlar, tibbiy ma'lumot (simptom va davolash) ma'lumotlari (1-3-rasm), NMR an MS spektrlari va yuqoriga va pastga qarab boshqariladigan genlar. Ushbu ma'lumot 18000 dan ortiq kishidan olingan manbalar o'z ichiga oladi boshqa ma'lumotlar bazalari, hukumat hujjatlari, kitoblar va ilmiy adabiyotlar.
T3DB-ning asosiy yo'nalishi mexanizmlarni ta'minlashga qaratilgan toksiklik va keng tarqalgan toksik moddalar uchun maqsadli oqsillarni aniqlash. Boshqa bir qator toksik birikmalar ma'lumotlar bazalari mavjud bo'lsa-da, ularning ahamiyati kimyoviy laboratoriyalar tashqarisida deyarli hech qachon ko'rinmaydigan ko'plab kimyoviy birikmalarni qamrab olishga qaratilgan. T3DB faqat mo'l-ko'l bo'lgan yoki keng tarqalgan va odamlarda aniqlangan yoki o'lchangan toksik moddalar haqida ma'lumot olishga harakat qilmoqda. T3DB to'liq qidirish va keng matnni, ketma-ketlikni, kimyoviy tuzilish, aloqador so'rov va spektral izlanishlar. U keyin ham modellashtirilgan va bilan chambarchas bog'langan Inson metabolizmining ma'lumotlar bazasi (HMDB ) va DrugBank. T3DB ning potentsial dasturlariga quyidagilar kiradi metabolomika va atrof-muhit ta'sirini o'rganish, toksik birikma metabolizm bashorat qilish, toksin / giyohvand moddalarning o'zaro ta'sirini prognoz qilish va toksik moddalarning umumiy xabardorligi.
Qo'llanish doirasi va kirish
T3DB-dagi barcha ma'lumotlar mulkiy bo'lmagan yoki mulkiy bo'lmagan manbadan olingan. Unga hamma erkin kirish imkoniyatiga ega va hamma uchun ochiqdir. Bundan tashqari, deyarli har qanday ma'lumotlar to'liq kuzatilishi mumkin va aniq asl manbaga havola qilinadi. T3DB ma'lumotlari umumiy veb-interfeys va yuklab olishlar orqali mavjud.
Shuningdek qarang
Adabiyotlar
- ^ a b Vishart, D; Arndt D; Pon A; Sajed T; Guo AC; Djoumbou Y; Noks S; Uilson M; Liang Y; Grant J; Liu Y; Goldansaz SA; Rappaport SM. (Yanvar 2015). "T3DB: toksik ekspozoma ma'lumotlar bazasi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 43 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D928-34. doi:10.1093 / nar / gku1004. PMC 4383875. PMID 25378312.
- ^ Laym; Pon A; Djoumbou Y; Noks S; Shrivastava S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (Yanvar 2010). "T3DB: keng tarqalgan toksinlar va ularning maqsadlari to'g'risida izohli ma'lumotlar bazasi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 38 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D781-6. doi:10.1093 / nar / gkp934. PMC 2808899. PMID 19897546.