Ribozomal intergenik spayzer tahlili - Ribosomal intergenic spacer analysis - Wikipedia

Ribozomal RNK (rRNK) intergenik oraliq tahlili (RISA) usuli hisoblanadi mikroblar jamiyati madaniyatga bog'liq bo'lgan yondashuvlar tarafkashliksiz turli xil muhitni yoki davolash ta'sirini taqqoslash vositasini beradigan tahlil.[1] Ushbu turdagi tahlil ko'pincha deb nomlanadi jamoaviy barmoq izlari. RISA o'z ichiga oladi PCR mintaqasini kuchaytirish rRNK kichiklar orasidagi gen operon (16S ) va katta (23S ) deb nomlangan pastki birliklar intergenik bo'shliq mintaqasi ISR.[2]

Foydalanish orqali oligonukleotid astarlari 16S va 23S genlarida saqlanadigan mintaqalarga yo'naltirilgan, RISA fragmentlari dominantning aksariyat qismidan hosil bo'lishi mumkin bakteriyalar atrof-muhit namunasida. RRNA operonining aksariyati strukturaviy funktsiyani bajarsa, 16S-23S intergenik mintaqaning qismlari kodlashi mumkin tRNKlar bakteriyalar turiga qarab. Shu bilan birga, ISRning taksonomik qiymati uzunlik va nukleotidlar ketma-ketligida bir xil bo'lmaganlikda. RISA-da biz ISR uzunligining heterojenligidan foydalanishga harakat qilmoqdamiz, bu 150 dan 1500 bp oralig'ida, aksariyat ISR uzunligi 150 dan 500 bp gacha bo'lganligini ko'rsatdi.[3]

Olingan PCR mahsuloti bir nechta dominant hamjamiyat a'zolari tomonidan qo'shilgan qismlarning aralashmasi bo'ladi. Ushbu mahsulot a ichida elektroforez qilingan poliakrilamid jeli binoni qilinganidan keyin DNK ingl. Natijada, har bir DNK tasmasi asl birikma bo'yicha bakteriyalar populyatsiyasiga mos keladigan, jamiyatga xos profilni ta'minlaydigan murakkab tasma naqshidir.

Adabiyotlar

  1. ^ Sigler, V.V .; Zeyer, J. (2002). "Ikki chekinayotgan muzliklarning oldingi maydonlari bo'ylab mikroblarning xilma-xilligi va faolligi". Mikrob. Ekol. 43 (4): 397–407. doi:10.1007 / s00248-001-0045-5. PMID  11953808.
  2. ^ Borneman, J .; Triplett, EW (1997). "Sharqiy Amazoniyadagi tuproqlarda molekulyar mikroblarning xilma-xilligi: o'rmonlarning kesilishi bilan bog'liq bo'lgan noodatiy mikroorganizmlar va mikroblar sonining o'zgarishiga dalillar". Qo'llash. Atrof. Mikrobiol. 63 (7): 2647–2653. doi:10.1128 / AEM.63.7.2647-2653.1997.
  3. ^ Sigler, V.V .; Crivii, S; Zeyer, J (2002). "Hamjamiyat tuzilishi, faolligi va shartli o'sish dinamikasi bilan ajralib turadigan muzli er maydonlarida bakteriyalarning ketma-ketligi". Mikrob. Ekol. 44 (4): 306–316. doi:10.1007 / s00248-002-2025-9. PMID  12399899.