Kubit florometri - Qubit fluorometer

Qubit 2.0 florometri

The Kubit florometri tomonidan ishlab chiqilgan va tarqatilgan laboratoriya vositasi Invitrogen (endi qismi Termo Fisher ), boshqa dasturlar qatorida, miqdorini aniqlash uchun ishlatiladi DNK, RNK va oqsil.[1][2][3][4]

Printsip

Qubit florometr foydalanadi lyuminestsent bo'yoqlar ikkalasining konsentratsiyasini aniqlash uchun nuklein kislotalar yoki oqsillar namunada. Nuklein kislotalar va oqsillarning kontsentratsiyasini o'lchashning boshqa keng tarqalgan usuli bu UV nurlarini yutish usuli bo'lib, spektrofotometr yordamida yorug'likning tabiiy yutilishini 260 nm (DNK va RNK uchun) yoki 280 nm (oqsillar uchun) da o'lchaydi. Juda ko'p molekulalar yorug'likni 260 nm ga singdirganligi sababli, ushbu o'lchov namunaning ushbu boshqa molekulalar bilan potentsial ifloslanishi tufayli noaniqlikka duch keladi va namunadagi DNK, RNK, oqsil yoki erkin nukleotidlar yoki aminokislotalarni ajrata olmaydi.[5][6][7][8] Boshqa tomondan, Qubit tizimi floresan bo'yoqlari bilan ta'minlanadi, ular ikki tomonlama zanjirli DNK (dsDNA), bitta zanjirli DNK (ssDNA), RNK, miRNA yoki aniqroq miqdorini ta'minlaydigan protein.

Floresan bo'yoqlari

Asosiy maqola: Hayotiy fanlarning floresanligi

Qubit tahlillari (ilgari Quant-iT nomi bilan tanilgan) oldingi tomonidan ishlab chiqilgan va ishlab chiqarilgan Molekulyar zondlar (endi uning bir qismi Hayotiy texnologiyalar ). Har bir bo'yoq molekulaning bir turiga (DNK, RNK yoki oqsil) xosdir. Ular juda yaxshi past lyuminestsentsiya maqsad molekulasi bilan bog'languncha. Bog'langan va bog'lanmagan bo'yoq o'rtasidagi lyuminestsentsiyaning farqi kattalikning bir necha tartibidir. DNK bilan bog'lanishda, ehtimol interkalatsiya asoslar orasida bo'yoq molekulalari (PicoGreen) yanada qattiqroq shaklga ega bo'lib, intensiv lyuminestsentsiyaga aylanadi.[9][10] DNK eritmasiga qo'shilgandan so'ng, Qubit DNK bo'yoq DNK bilan bir necha soniya ichida bog'lanib, muvozanatni ikki daqiqadan kamroq vaqt ichida oladi.

Bo'yoqning o'ziga xos kontsentratsiyasida, bu aralashmaning lyuminestsentsiya signalining intensivligi, hatto boshqa bio-molekulalar ishtirokida ham, eritmadagi DNK kontsentratsiyasiga mutanosibdir. Qubit florometri ushbu lyuminestsentsiya signalini oladi va ma'lum konsentratsiyadagi DNK zondlariga murojaat qilish orqali uni DNK kontsentratsiyasi o'lchoviga aylantiradi. Keyin u ushbu aloqani namunaning konsentratsiyasini hisoblash uchun ishlatadi.

"DsDNA BR assay to'plami" bilan Qubit 2.0 florometri

Kubit miqdoriy tizimiga turli xil bio-molekulalar va kontsentratsiyalarga xos bo'lgan quyidagi bo'yoqlar kiradi (ds ikki zanjirli, ss bitta zanjirli DNK uchun).

Reaktiv / tahlilTahlil doirasiNamuna boshlang'ich konsentratsiyasi oralig'i
Qubit dsDNA HS assay0,2-100 ng10 pg / ml – 100 ng / ml
Qubit dsDNA BR tahlillari2-1000 ng100 pg / ml – 1 mg / ml
Qubit ssDNA tahlillari1-200 ng50 pg / µL-200 ng / µL
Qubit RNK tahlili5-100 ng250 pg / ml – 100 ng / ml
Qubit RNK BR tekshiruvi20-1000 ng1 ng / µ-1 µg / µL
Qubit oqsillarni tahlil qilish *0,25-5 mg12,5 mg / ml – 5 mg / ml

Boshqa qurilmalar bilan taqqoslash

Boshqa florometrlar ham Qubit bo'yoqlaridan lyuminestsentsiyani o'lchashlari mumkin va DNK, RNK va oqsil miqdorini aniqlash uchun ham xuddi shu usulda foydalanishlari mumkin. Shu bilan birga, boshqa barcha florometrlar foydalanuvchidan bir nechta DNK standartlaridan foydalanishni va grafada absorbsiya bilan solishtirganda kontsentratsiyani tuzishni talab qiladi. Keyin ma'lumotlar chiziqqa o'rnatilishi kerak va nihoyat chiziq tenglamasidan hisoblangan namunaviy konsentratsiya. Garchi bu har qanday olim uchun oddiy hisob-kitob bo'lsa-da, Qubit florometri foydalanuvchi uchun bu hisobni amalga oshiradi, uni tezroq va osonlashtiradi, qo'shimcha ravishda odatdagi florometrga qaraganda arzonroq bo'ladi.[iqtibos kerak ]

Versiyalar

Ikkinchi avlod Qubit 2.0 Florometri 2010 yilda, uchinchi avlod Qubit 3.0 sifatida 2014 yilda chiqarilgan. Eng yangi versiyasi Qubit 4 2017 yilda ishlab chiqarilgan.

Adabiyotlar

  1. ^ Acar E va boshq. (2009). "MentypeR Argus X-8 to'plamini otalik holatlari uchun optimallashtirish va tasdiqlash bo'yicha tadqiqotlar". Sud-tibbiyot ilmiy genetika ta'minoti. 2: 47–48. doi:10.1016 / j.fsigss.2009.08.189.
  2. ^ Bakos J va boshq. (2009). "Boyitilgan muhit gormonal holatga va hipokampal miyadan kelib chiqadigan neyrotrofik omilga jinsiy aloqaga bog'liq holda ta'sir qiladi". Nevrologiya. 164 (2): 788–797. doi:10.1016 / j.neuroscience.2009.08.054. PMID  19723563. S2CID  23809910.
  3. ^ Halaihel N va boshq. (2009). "Renibakterium salmoninarumni kamalak alabalıklarında (Oncorhynchus mykiss) tashxislash va boshqa usullar bilan taqqoslash bo'yicha PCR asosida yangi real vaqtda tahlil". J mikrobiol met. 76 (1): 75–80. doi:10.1016 / j.mimet.2008.09.014. PMID  18938198.
  4. ^ Hamza IA va boshq. (2009). "Daryo suvlarida odam bokavirusini aniqlash va miqdorini aniqlash". J Gen Virol. 90 (Pt 11): 2634-2637. doi:10.1099 / vir.0.013557-0. PMID  19656966.
  5. ^ Manchester, K.L. (1996). "Protein va nuklein kislota konsentratsiyasini o'lchash uchun ultrabinafsha usullaridan foydalanish". Biotexnikalar. 20 (6): 968–970. doi:10.2144 / 96206bm05. PMID  8780864.
  6. ^ Glasel, J.A. (1995). "260 nm / 280 nm yutish nisbati bilan nazorat qilingan nuklein kislota tozaligining amal qilish muddati". Biotexnikalar. 18 (1): 62–63. PMID  7702855.
  7. ^ Xuberman, J.A. (1995). "240 nm va 260 va 280 nm da nuklein kislota yutilishini o'lchashning ahamiyati". Biotexnikalar. 18 (4): 636. PMID  7598897.
  8. ^ Manchester, K.L. (1995). "Nuklein kislotalarning tozaligini o'lchash uchun A260 / A280 nisbatlarining qiymati". Biotexnikalar. 19 (2): 208–210. PMID  8527139.
  9. ^ McKnight, RE, Gleason, AB, Keyes, JA, Sahabi, S. (2006). "Topoizomeraza I DNKni ochish tahlilidan foydalangan holda DNKni bog'laydigan vositalarni bog'lash rejimi va yaqinligini o'rganish". Bioorganik va tibbiy kimyo xatlari. 17 (4): 1013–1017. doi:10.1016 / j.bmcl.2006.11.038. PMID  17157016.CS1 maint: bir nechta ism: mualliflar ro'yxati (havola)
  10. ^ Shvaytser, C., Scaiano, JC (2003). "PicoGreen lyuminestsent siyaninli bo'yoqning selektiv biriktirilishi va mahalliy fotofizikasi ikki ipli va bitta ipli DNKda". Fizik kimyo Kimyoviy fizika. 5 (21): 4911–4917. doi:10.1039 / b305921a.CS1 maint: bir nechta ism: mualliflar ro'yxati (havola)

Tashqi havolalar