MEGARes - MEGARes
| Tarkib | |
|---|---|
| Tavsif | MEGARes - bu Kolorado shtati universitetida yuqori mahsuldorlik ketma-ketligi uchun yaratilgan antimikrobiyal qarshilik bazasi |
| Ma'lumot turlari qo'lga olindi | Antimikrobiyal qarshilik genlari va fenotiplari |
| Organizmlar | Bakteriyalar |
| Aloqa | |
| Ilmiy-tadqiqot markazi | Kolorado shtati universiteti |
| Birlamchi iqtibos | PMID 27899569 |
| Kirish | |
| Veb-sayt | http://megares.meglab.org |
| URLni yuklab olish | Yuklash |
| Turli xil | |
| Xatcho'plar sub'ektlar | ha |
MEGARes qo'l bilan davolanadi antibiotiklarga qarshilik bazasi antimikrobiyal dorilar uchun ilgari nashr etilgan qarshilik ketma-ketliklarini o'z ichiga oladi, shu bilan birga metall va biosidga qarshilik determinantlari uchun nashr etilgan ketma-ketliklarni o'z ichiga oladi. MEGARes 2.0-da, asiklik ierarxik ontologiyaning tugunlari tarkibiga to'rtta mikroblarga qarshi birikma turlari, 57 sinflar, 220 qarshilik mexanizmlari va 7868 ta qo'shilishni tasniflaydigan 1345 gen guruhlari kiradi. [1][2] Bu to'g'ridan-to'g'ri FASTA-dan qarshilikli ketma-ketlikni tasniflash uchun AmrPlusPlus (AMR ++ 2.0 versiyasi) quvuri bilan birgalikda ishlaydi.
Ma'lumotlar bazasi izohli tuzilishga ega bo'lgan keng ko'lamli, ekologik ketma-ketlik ma'lumotlar to'plamini tahlil qilishga katta e'tibor beradi, bu esa yuqori mahsuldorlikka ega bo'lgan asiklik klassifikatorlar va katta ma'lumotlarning ierarxik statistik tahlillarini ishlab chiqishga imkon beradi. MEGARes annotatsiyasi AMR genlarini ko'rib chiqishda uchta ierarxik darajadan iborat: dori sinfi, mexanizmi va guruhi. MEGARes tarkibi boshqa turli xil ma'lumotlar bazalaridan: Resfinder, ARG-ANNOT, Antibiotiklarga qarshilikka qarshi keng qamrovli ma'lumotlar bazasi (CARD) va Milliy Biotexnologiya Markazi (NCBI) Lahey Clinic beta-laktamaz arxividan olingan.
MEGARes foydalanuvchilarga mikrobiom tahliliga o'xshash antimikrobiyal qarshilikni FASTA ketma-ketligidan yoki qidiruv satridagi kalit so'zlardan tahlil qilishga imkon beradi. Bundan tashqari, foydalanuvchilar MEGARes ma'lumotlar bazasi bilan birlashtirilishi mumkin bo'lgan metagenomik ma'lumotlar to'plamlarini qarshilikli tahlil qilish uchun AmrPlusplus quvur liniyasidan foydalanishlari mumkin.
Shuningdek qarang
Adabiyotlar
- ^ [1], Lakin, SM, Dean, C., Noyes, NR, Dettenwanger, A., Spenser Ross, A., Doster, E., Rovira, P., Abdo, Z., Jons, KL, Ruiz, J., Belk , KE, Morley, PS, Boucher, C. (2016) MEGARes: yuqori o'tkazuvchanlikni tartiblashtirish uchun mikroblarga qarshi ma'lumotlar bazasi. Nuklein kislotalari rez., 45. DOI: 10.1093 / nar / gkw1009
- ^ Enrike Doster, Stiven M Lakin, Kristofer J Din, Kori Vulf, Jared G Yang, Kristina Boucher, Kit E Belk, Noelle R Noyes, Pol S Morli (2020) MEGARes 2.0: antimikrobiyal dori, biosid va metallarga chidamliligini tasniflash uchun ma'lumotlar bazasi metagenomik ketma-ketlik ma'lumotlarida determinantlar. https://doi.org/10.1093/nar/gkz1010
 | Bu mikrobiologiya bilan bog'liq maqola a naycha. Siz Vikipediyaga yordam berishingiz mumkin uni kengaytirish. |