FARS2 - FARS2

FARS2
Protein FARS2 PDB 3CMQ.png
Mavjud tuzilmalar
PDBOrtholog qidiruvi: PDBe RCSB
Identifikatorlar
TaxalluslarFARS2, COXPD14, FARS1, HSPC320, PheRS, dJ520B18.2, fenilalanil-tRNA sintetaza 2, mitoxondrial, SPG77, mtPheRS
Tashqi identifikatorlarOMIM: 611592 MGI: 1917205 HomoloGene: 4788 Generkartalar: FARS2
Gen joylashuvi (odam)
Xromosoma 6 (odam)
Chr.Xromosoma 6 (odam)[1]
Xromosoma 6 (odam)
FARS2 uchun genomik joylashuv
FARS2 uchun genomik joylashuv
Band6p25.1Boshlang5,261,044 bp[1]
Oxiri5,829,192 bp[1]
RNK ekspressioni naqsh
Ps.Bng da PBB GE FARS2 204283

Ps.Bng da PBB GE FARS2 204282 s
Qo'shimcha ma'lumotni ifodalash ma'lumotlari
Ortologlar
TurlarInsonSichqoncha
Entrez

10667

69955

Ansambl

ENSG00000145982

ENSMUSG00000021420

UniProt

O95363

Q99M01

RefSeq (mRNA)

NM_006567
NM_001318872

NM_001039189
NM_024274

RefSeq (oqsil)

NP_001034278
NP_077236

Joylashuv (UCSC)Chr 6: 5.26 - 5.83 MbChr 13: 36.12 - 36.73 Mb
PubMed qidirmoq[3][4]
Vikidata
Insonni ko'rish / tahrirlashSichqonchani ko'rish / tahrirlash

Fenilalanil-tRNK sintetaza, mitoxondriyal (FARS2) bu ferment odamlarda kodlanganligi FARS2 gen.[5] Bu oqsil tomonidan kodlangan FARS2 ga lokalizatsiya qiladi mitoxondriya va mitoxondriyada rol o'ynaydi oqsillarni tarjima qilish. Mutatsiyalar Ushbu genda Alpers ensefalopatiyasi deb ham ataladigan kombinatsiyalangan oksidlovchi fosforillanish etishmovchiligi 14 bilan bog'liq bo'lgan spastik paraplegiya 77 va chaqaloq boshlangan epilepsiya va sitoxrom s oksidaza etishmovchilik.[6][7]

Tuzilishi

FARS2 joylashgan p qo'l ning xromosoma 6 25.1 pozitsiyasida va 15 ga ega exons.[6] Ushbu gen. A'zosini kodlaydi sinf-II aminoatsil-tRNK sintetaza oila.[8][9] FARS2 - bu fenilalanin-tRNK sintetaza (PheRS) ga mahalliylashtirilgan mitoxondriya bu bitta polipeptid zanjiri, ning (alfa-beta) 2 tuzilishidan farqli o'laroq prokaryotik va ökaryotik sitoplazmatik PheRS shakllari. Tarkibni tahlil qilish va katalitik xususiyatlari mitokondriyal PheRS ning prokaryotlarda va ökaryotik sitoplazmadagi fermentlardan ajralib turadigan PheRS sinfini tashkil qilishi mumkinligini ko'rsatadi.[6]

Funktsiya

Aminoatsil-tRNK sintetazlari sinfidir fermentlar bu to'lov tRNKlar ularning qarindoshlari bilan aminokislotalar.[6] FARS2 tRNA (Phe) ni zaryad qiladi fenilalanin va m-Tyrning (Phe oksidlangan versiyasi) tRNA (Phe) ga bevosita biriktirilishini katalizlaydi. Bu mitoxondrial uchun muhim ahamiyatga ega tarjima va misatsillangan tRNK ni ribosoma va qo'shilish ROS - oqsillarga zarar etkazilgan aminokislota.[8][9][10][11] Shu bilan bir qatorda qo'shilish natijada bir nechta transkript variantlari mavjud.[6]

Katalitik faollik

ATP + L-fenilalanin + tRNK (Phe) = AMP + difosfat + L-fenilalanil-tRNK (Phe)[8][9][10][11]

Klinik ahamiyati

Mutatsiyalar FARS2 kombinatsiyalangan oksidlovchi fosforillanish etishmovchiligi bilan bog'liq 14, spastik paraplegiya 77 va infantil boshlangan epilepsiya va sitoxrom s oksidaza etishmovchilik. Ikkala kombinatsiyalangan oksidlovchi fosforillanish etishmovchiligi 14 va spastik paraplegiya 77 mavjud autosomal retsessiv tabiatda va bir nechta patogen variantlar bilan bog'langan, shu jumladan Y144C,[12] I329T, D391V,[11] va D142Y.[13] Kombinatsiyalangan oksidlovchi fosforillanish etishmovchiligi 14 neonatal boshlanishi bilan tavsiflanadi global rivojlanishning kechikishi, refrakter soqchilik, sut kislotasi va ko'plab mitoxondriyal nafas olish fermentlarining etishmovchiligi. Spastik paraplegiya, shu bilan birga, a neyrodejenerativ buzilish sekin, asta-sekin, progressiv zaiflik va spastiklik pastki oyoq-qo'llarining, bemorlarda tez-tez muvozanat, oyoqlarning zaiflashishi va qattiqlashishi bilan bog'liq qiyinchiliklar mavjud, mushaklarning spazmlari, va yurish paytida oyoq barmoqlarini sudrab.[8][9] Infantil boshlangan epilepsiya va sitoxrom c oksidaz etishmovchiligining bir sababi FARS2 Asp325Tyr missensiya mutatsiyasi haqida ham xabar berilgan. Erta boshlangan epilepsiya, nevrologik defitsit va murakkab IV etishmovchilik bu mutatsiyadan kelib chiqadigan kasallikning asosiy xususiyatlari.[7]

O'zaro aloqalar

FARS2-da 193 ikkilik borligi ko'rsatilgan oqsil va oqsillarning o'zaro ta'siri shu jumladan, 12 ta kompleks kompleks ta'sir o'tkazish. FARS2 bilan o'zaro aloqada ko'rinadi RCBTB2, KRTAP10-9, KALKOKO2, KRT40, MID2, APPL1, IKZF3, KRT13, TADA2A, STX11, TRIM27, KRTAP10-5, KRTAP10-7, TFCP2, MKRN3, KRT31, HMBOX1, AGTRAP, ADAMTSL4, NOTCH2NL, CMTM5, TRIM54, FSD2, CYSRT1, HIGD1C, homez, SPRY1, ZNF500, KRT34, YIF1A, BAG4, TPM2, SYP, KRTAP10-8, KRTAP1-1, AP1B1, TRAF2, GRB10, MESD, TRIP6, CCDC152, BEX5, FHL5, MORN3, DGAT2L6, ZNF438, KCTD17, ZNF655, BANP, SPERT, NFKBID, ZNF526, PCSK5, DVL3, AJUBA, PPP1R16B, MDFI, DPH2, CDCA4, KRTAP3-3, BACH2, KCNF1, MAN1C1, RIMBP3, ZRANB1, ISY1, FKBP7 va E7.[14]

Adabiyotlar

  1. ^ a b v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000145982 - Ansambl, 2017 yil may
  2. ^ a b v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000021420 - Ansambl, 2017 yil may
  3. ^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
  4. ^ "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
  5. ^ Bullard JM, Cai YC, Demeler B, Spremulli LL (may 1999). "Inson mitoxondriyal fenilalanil-tRNK sintetaza ifodasi va tavsifi". Molekulyar biologiya jurnali. 288 (4): 567–77. doi:10.1006 / jmbi.1999.2708. PMID  10329163.
  6. ^ a b v d e "Entrez Gen: FARS2 fenilalanil-tRNA sintetaza 2, mitoxondriyal". Ushbu maqola ushbu manbadagi matnni o'z ichiga oladi jamoat mulki.
  7. ^ a b Almalki A, Alston CL, Parker A, Simonic I, Mehta SG, He L, Reza M, Oliveira JM, Lightowlers RN, McFarland R, Taylor RW, Chrzanowska-Lightowlers ZM (yanvar 2014). "Inson mitoxondriyal fenilalanin-tRNK sintetaza mutatsiyasi infantil epilepsiya va sitoxrom c oksidaz etishmovchiligini keltirib chiqaradi". Biochimica et Biofhysica Acta (BBA) - Kasallikning molekulyar asoslari. 1842 (1): 56–64. doi:10.1016 / j.bbadis.2013.10.008. PMC  3898479. PMID  24161539.
  8. ^ a b v d "FARS2 - Fenilalanin - tRNK ligaza, mitoxondriyal prekursor - Homo sapiens (Inson) - FARS2 geni va oqsili". www.uniprot.org. Olingan 2018-09-05. Ushbu maqola ostida mavjud bo'lgan matnni o'z ichiga oladi CC BY 4.0 litsenziya.
  9. ^ a b v d "UniProt: universal oqsil bilimlari bazasi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 45 (D1): D158-D169. 2017 yil yanvar. doi:10.1093 / nar / gkw1099. PMC  5210571. PMID  27899622.
  10. ^ a b Klipcan L, Mur N, Kessler N, Safro MG (iyul 2009). "Eukaryotik sitozol va mitoxondriyal fenilalanil-tRNK sintetazlari tRNKning meta-tirozin bilan zaryadlanishini katalizlaydi". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 106 (27): 11045–8. Bibcode:2009PNAS..10611045K. doi:10.1073 / pnas.0905212106. PMC  2700156. PMID  19549855.
  11. ^ a b v Elo JM, Yadavalli SS, Evro L, Isohanni P, Götz A, Carroll CJ, Valanne L, Alkuraya FS, Uusimaa J, Paetau A, Caruso EM, Pihko H, Ibba M, Tyynismaa H, Suomalainen A (oktyabr 2012). "Mitokondriyal fenilalanil-tRNK sintetaza mutatsiyalari o'limga olib keladigan infantil Alpers ensefalopatiyasi asosida yotadi". Inson molekulyar genetikasi. 21 (20): 4521–9. doi:10.1093 / hmg / dds294. PMID  22833457.
  12. ^ Shamseldin HE, Alshammari M, Al-Sheddi T, Solih MA, Alkhalidi H, Kentab A, Repetto GM, Hashem M, Alkuraya FS (aprel 2012). "Qarindosh populyatsiyada mitoxondriyal kasalliklarning genomik tahlili yangi nomzod kasallik genlarini aniqlaydi". Tibbiy genetika jurnali. 49 (4): 234–41. doi:10.1136 / jmedgenet-2012-100836. PMID  22499341. S2CID  5856138.
  13. ^ Yang Y, Liu V, Fang Z, Shi J, Che F, X C, Yao L, Vang E, Vu Y (fevral 2016). "FARS2 da yangi aniqlangan missens mutatsioni avtosomal-retsessiv spastik paraplegiyani keltirib chiqaradi". Inson mutatsiyasi. 37 (2): 165–9. doi:10.1002 / humu.22930. PMID  26553276. S2CID  46241711.
  14. ^ "FARS2 qidiruvi uchun 193 ikkilik o'zaro ta'sir topildi". IntAct molekulyar ta'sir o'tkazish ma'lumotlar bazasi. EMBL-EBI. Olingan 2018-09-05.

Tashqi havolalar

Qo'shimcha o'qish

  • Levin I, Kessler N, Mur N, Klipcan L, Koc E, Templeton P, Spremulli L, Safro M (sentyabr 2007). "Inson mitoxondriyal fenilalanil-tRNK sintetazasini tozalash, kristallanish va rentgenologik tavsifi". Acta Crystallographica bo'limi F. 63 (Pt 9): 761-4. doi:10.1107 / S1744309107038651. PMC  2376306. PMID  17768348.
  • Brandenberger R, Vey X, Chjan S, Ley S, Murage J, Fisk GJ, Li Y, Xu S, Fang R, Guegler K, Rao MS, Mandalam R, Lebkovskiy J, Stanton LW (iyun 2004). "Transkriptom xarakteristikasi inson ES hujayralarining o'sishi va differentsiatsiyasini boshqaruvchi signalizatsiya tarmoqlarini yoritib beradi". Tabiat biotexnologiyasi. 22 (6): 707–16. doi:10.1038 / nbt971. PMID  15146197. S2CID  27764390.
  • Xarrington JJ, Sherf B, Rundlett S, Jekson PD, Perri R, Keyn S, Leventhal C, Tornton M, Ramachandran R, Uittington J, Lerner L, Kostanzo D, Makeleligot K, Boozer S, Mey R, Smit E, Veloso N , Klika A, Xess J, Cothren K, Lo K, Offenbaxer J, Danzig J, Dyukar M (may 2001). "Gen ekspressionining tasodifiy faollashuvidan foydalangan holda genom bo'yicha oqsil ekspression kutubxonalarini yaratish". Tabiat biotexnologiyasi. 19 (5): 440–5. doi:10.1038/88107. PMID  11329013. S2CID  25064683.
  • Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagava K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (1997 yil oktyabr). "To'liq boyitilgan va 5'darajali boyitilgan cDNA kutubxonasini qurish va tavsifi". Gen. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID  9373149.
  • Maruyama K, Sugano S (1994 yil yanvar). "Oligo-kepka: eukaryotik mRNAlarning kepka tuzilishini oligoribonukleotidlar bilan almashtirishning oddiy usuli". Gen. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.

Ushbu maqolada Amerika Qo'shma Shtatlarining Milliy tibbiyot kutubxonasi ichida joylashgan jamoat mulki.